Erik Danielsson (chant, basse), Håkan Jonsson (batterie), les guitaristes Pelle Forsberg et C. Blom (qui quitte le groupe après le premier album) forment Watain en 1998, à Uppsala, en Suède. Pour les besoins de la scène, ils s'adjoignent Set Taitan (guitare) et Alvaro Lillo (basse). Le quatuor a pour ambition de produire un black metal épique dont les racines englobent aussi bien Rainbow et Black Sabbath que Dissection ou Bathory. Les débuts sont modestes avec la maquette Go Fuck Your Jewish "God" en 1998 et la cassette en public Black Metal Sacrifice en 1999, qui ne connaissent pas de véritable sortie.
Il faut attendre l'automne 1999 et l'EP The Essence of Black Purity pour voir Watain faire ses premières sorties commerciales. Le premier album studio, Rabid Death's Curse (2000), ne lui permet pas encore de dépasser le cadre de ses frontières nationales. Il en va autrement de Casus Luciferi (2003), où Watain apprivoise parfaitement ses inspirations pour livrer un disque marquant. Malgré des suspicions de sympathies néo-nazies nées en grande partie d'un salut hitlérien déplacé lors d'un concert en Allemagne en 2006, Watain apparaît au mieux de sa forme l'année suivante pour le troisième album studio Sworn to the Dark. Le temps de parcourir l'Europe, avec Kreator ou Celtic Frost, et Watain effectue en 2008 sa première tournée américaine en tant que tête d'affiche.
Moins marquant que ses deux prédécesseurs, Lawless Darkness, paru en 2010, n'en reste pas moins d'un niveau honorable. Le trio poursuit dans la même veine avec la sortie, en août 2013, de The Wild Hunt. Après les sorties d'un troisième album en public, Tonight We Raise Our Cups And Toast In Angels Blood: Tribute To Bathory (2015) et d'un EP du même acabit, Sathanas / Luciferi Tour EP (avec Mayhem, 2016), Watain revient au studio pour les besoins de son sixième album, Trident Wolf Eclipse, paru en début d'année 2018.