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John Haughm (chant, guitare, batterie) et Shane Breyer (claviers) forment Agallloch en 1995 à Portland (Oregon). Don Anderson (guitare), Jason William Walton (basse), et Aesop Dekker (batterie) complètent ensuite la formation. From Which of This Oak est la première démo réalisée par le groupe, alors largement influencé par le black metal. Pale Folklore, le premier album de Agalloch en 1999, laisse vite apparaitre une veine folk metal mariée avec des influences de rock expérimental. Shane Breyer quitte le groupe peu de temps après la réalisation de Pale Folklore.
Vite repéré par la critique, Agalloch sort en 2002 The Mantle et commence alors à se produire sur scène, d'abord en Oregon puis sur toute la côte ouest des Etats-Unis. Tomorrow Will Never Come en 2003 et The Grey en 2004 permettent à Agalloch de proposer de nouvelles versions des titres de The Mantle, assortis d'inédits. 2004 voit Agalloch tourner au Canada et sur la côte est des Etats-Unis.
Ashes Against the Grain en 2006 durcit le ton, en employant des guitares plus saturées sans délaisser les longues envolées expérimentales. Le groupe réunit ensuite ses anciens titres de la période 1996-1998, dans la compilation The Demonstration Archive. En novembre 2010, décembre en Europe et même janvier 2011 en France, Agalloch sort un nouveau bijou avec Marrow of the Spirit.
